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Das Territorium Nunavut umfasst Teile des kanadischen Festlandes, die meisten der arktischen Inseln Kanadas und alle Inseln der Hudson Bay, der James Bay und der Ungava Bay, die vormals zu den Nordwest-Territorien gehörten. Es erstreckt sich über rund 2 Millionen Quadratkilometer und bedeckt somit etwa ein Fünftel des Gebiets von Kanada. Auf dem Festland grenzt Nunavut im Süden an die Provinz Manitoba und im Westen an die Nordwest-Territorien. Auch die Hudson Bay ist südliches Grenzgebiet – zu den Provinzen Manitoba, Ontario und Québec. Im Nordwesten verläuft zudem eine Grenze zwischen Nunavut und den Nordwest-Territorien auf den vier Inseln Victoria Island, Melville Island, King Island und Borden Island. Im Süden, auf Killiniq Island an der Nordspitze der Labrador-Halbinsel, besitzt Nunavut außerdem eine Grenze von nur etwa 10 Kilometern zur Provinz Neufundland und Labrador.
Im Osten der zu Nunavut zählenden Baffin-Insel, Devon-Insel und Ellesmere-Insel verläuft die kanadische Staatsgrenze gegenüber Grönland in der Davisstraße, der Baffin Bay und der Nares-Straße.
Grössere Teile von Nunavut sind als Nationalparks ausgewiesen. Trekkingexpeditionen mit einheimischen Touroperators werden bei Parks Canada angemeldet.